Примечания к выпуску SciPy 1.0.0

Мы с огромным удовольствием объявляем о выпуске SciPy 1.0, спустя 16 лет после того, как версия 0.1 увидела свет. Это был долгий, продуктивный путь до этого момента, и мы ожидаем множество новых захватывающих функций и выпусков в будущем.

Почему 1.0 сейчас?

Номер версии должен отражать зрелость проекта — и SciPy была зрелой и стабильной библиотекой, которая уже давно широко используется в производственных условиях. С этой точки зрения, номер версии 1.0 давно назрел.

Некоторые ключевые цели проекта, как технические (например, колеса для Windows и непрерывная интеграция), так и организационные (структура управления, кодекс поведения и дорожная карта), были недавно достигнуты.

Многие из нас немного перфекционисты, и поэтому неохотно называют что-то «1.0», потому что это может подразумевать, что оно «закончено» или «мы на 100% довольны им». Это нормально для многих проектов с открытым исходным кодом, однако это не делает это правильным. Мы признаем себе, что это не идеально, и остались некоторые пыльные уголки (что, вероятно, всегда будет так). Несмотря на это, SciPy чрезвычайно полезен для своих пользователей, в среднем имеет высококачественный код и документацию, а также дает гарантии стабильности и обратной совместимости, которые подразумевает метка 1.0.

Немного истории и перспектив

• 2001: первый релиз SciPy

• 2005: переход к NumPy

• 2007: создание scikits

• 2008: добавлен модуль scipy.spatial и первый код на Cython

• 2010: переход на полугодовой цикл выпуска релизов

• 2011: Разработка SciPy переходит на GitHub

• 2011: Поддержка Python 3

• 2012: добавление модуля разреженных графов и унифицированного интерфейса оптимизации

• 2012: удаление scipy.maxentropy

• 2013: непрерывная интеграция с TravisCI

• 2015: добавление интерфейса Cython для BLAS/LAPACK и набора тестов

• 2017: добавление унифицированного C API с scipy.LowLevelCallable; удаление scipy.weave

• 2017: выпуск SciPy 1.0

Pauli Virtanen является Benevolent Dictator For Life (BDFL) SciPy. Он говорит:

Честно говоря, мы могли бы выпустить SciPy 1.0 давным-давно, поэтому я рад, что мы делаем это наконец-то. У проекта долгая история, и за эти годы он созрел и как программный проект. Я считаю, что он хорошо доказал свою ценность, чтобы заслужить номер версии, начинающийся с единицы.

С момента своего создания более 15 лет назад SciPy в основном разрабатывался учёными и для учёных, чтобы предоставить набор базовых инструментов, которые им необходимы. Со временем состав активных участников разработки претерпел некоторые изменения, и мы эволюционировали в сторону более системного подхода к разработке. Тем не менее, эта основная движущая сила осталась прежней, и я думаю, что она продолжит двигать проект вперёд в будущем. Это хорошо, поскольку вскоре после версии 1.0 выйдет версия 1.1.

Трэвис Олифант является одним из создателей SciPy. Он говорит:

Для меня большая честь написать поздравление разработчикам SciPy и всему сообществу SciPy по поводу выпуска SciPy 1.0. Этот выпуск представляет собой мечту многих, которая терпеливо преследовалась стойкой группой пионеров почти 2 десятилетия. Усилия были широкими и последовательными за это время со стороны многих сотен людей. От первоначальных обсуждений до усилий по кодированию и упаковке, усилий по документации, обширных конференций и построения сообщества, усилия SciPy были глобальным феноменом, в котором было привилегией участвовать.

Идея SciPy уже была в умах многих людей в 1997 году, когда я впервые присоединился к сообществу Python как молодой аспирант, только что влюбившийся в выразительность и расширяемость Python. Интернет только начинал объединять единомышленников-математиков и ученых в зарождающихся электронно-связанных сообществах. В 1998 году состоялась активная дискуссия на matrix-SIG, списке рассылки python с участием таких людей, как Пол Барретт, Джо Харрингтон, Перри Гринфилд, Пол Дюбуа, Конрад Хинсен, Дэвид Ашер и других. Эта дискуссия побудила меня в 1998 и 1999 годах откладывать свою докторскую диссертацию и тратить много времени на написание расширений для Python, которые в основном оборачивали проверенные в боях коды Fortran и C, делая их доступными для пользователей Python. Эта работа привлекла помощь других, таких как Роберт Керн, Перу Петерсон и Эрик Джонс, которые присоединили свои усилия к моим в 2000 году, так что к 2001 году был готов первый релиз SciPy. Это было задолго до того, как Github упростил сотрудничество и вклад других, и команда 'patch' и электронная почта были тем, как вы помогали проекту улучшаться.

С тех пор сотни людей потратили огромное количество времени на улучшение библиотеки SciPy, и сообщество вокруг этой библиотеки значительно выросло. Я перестал активно участвовать в разработке библиотеки SciPy примерно в 2010 году. К счастью, в то время Пол Виртанен и Ральф Гоммерс подхватили темп разработки при поддержке десятков других ключевых участников, таких как Давид Курнапо, Евгений Буровский, Йозеф Перктольд и Уоррен Векессер. Хотя за последние 7 лет я мог только издалека восхищаться развитием SciPy, я никогда не терял своей любви к проекту и концепции разработки, управляемой сообществом. Я до сих пор движим желанием помочь поддержать развитие не только библиотеки SciPy, но и многих других связанных и родственных проектов с открытым исходным кодом. Я чрезвычайно рад, что SciPy находится в руках всемирного сообщества талантливых разработчиков, которые обеспечат, чтобы SciPy оставался примером того, как разработка, основанная на инициативе сообщества, может быть успешной.

Фернандо Перес предлагает более широкую перспективу сообщества:

Существование зарождающейся библиотеки Scipy и невероятного – по сегодняшним меркам крошечного – сообщества вокруг неё привлекло меня в мир научного Python ещё в 2001 году, когда я был аспирантом-физиком. Сегодня я поражаюсь, видя, как эти инструменты используются во всём – от школьного образования до исследований, приведших к Нобелевской премии по физике 2017 года.

Не обманывайтесь цифрой 1.0: этот проект является зрелым краеугольным камнем современной экосистемы научных вычислений. Я благодарен многим, кто сделал его возможным, и надеюсь снова внести вклад в его развитие в будущем. Мои искренние поздравления всей команде!

Основные моменты этого выпуска

Некоторые ключевые особенности этого выпуска:

• Значительные улучшения сборки. Колеса для Windows впервые доступны на PyPI, и непрерывная интеграция настроена на Windows и OS X в дополнение к Linux.

• Набор новых решателей ОДУ и унифицированный интерфейс к ним (scipy.integrate.solve_ivp).

• Два новых оптимизатора доверительной области и новый метод линейного программирования с улучшенной производительностью по сравнению с тем, что scipy.optimize предложенные ранее.

• Были обернуты многие новые функции BLAS и LAPACK. Обертки BLAS теперь полные.

Обновление и совместимость

В этом выпуске было несколько устареваний и изменений API, которые задокументированы ниже. Перед обновлением мы рекомендуем пользователям проверить, что их собственный код не использует устаревшую функциональность SciPy (для этого запустите свой код с python -Wd и проверка на DeprecationWarning с).

Для этого выпуска требуется Python 2.7 или >=3.4 и NumPy 1.8.2 или выше.

Это также последний выпуск, поддерживающий LAPACK 3.1.x - 3.3.x. Повышение минимальной поддерживаемой версии LAPACK до >3.2.x долго блокировалось из-за того, что Apple Accelerate предоставляет API LAPACK 3.2.1. Мы решили, что пришло время либо отказаться от Accelerate, либо, если будет достаточно интереса, предоставить обёртки для функций, добавленных в более поздних версиях LAPACK, чтобы его можно было использовать.

Новые возможности

scipy.cluster улучшения

scipy.cluster.hierarchy.optimal_leaf_ordering, функция для переупорядочивания матрицы связей для минимизации расстояний между соседними листьями, была добавлена.

scipy.fftpack улучшения

N-мерные версии дискретных синусных и косинусных преобразований и их обратных были добавлены как dctn, idctn, dstn и idstn.

scipy.integrate улучшения

Набор новых решателей ОДУ был добавлен в scipy.integrate. Удобная функция scipy.integrate.solve_ivp обеспечивает единообразный доступ ко всем решателям. Отдельные решатели (RK23, RK45, Radau, BDF и LSODA) также может использоваться напрямую.

scipy.linalg улучшения

Обёртки BLAS в scipy.linalg.blas были завершены. Добавленные функции: *gbmv, *hbmv, *hpmv, *hpr, *hpr2, *spmv, *spr, *tbmv, *tbsv, *tpmv, *tpsv, *trsm, *trsv, *sbmv, *spr2,

Обертки для функций LAPACK *gels, *stev, *sytrd, *hetrd, *sytf2, *hetrf, *sytrf, *sycon, *hecon, *gglse, *stebz, *stemr, *sterf, и *stein были добавлены.

Функция scipy.linalg.subspace_angles была добавлена для вычисления углов между подпространствами двух матриц.

Функция scipy.linalg.clarkson_woodruff_transform был добавлен. Он находит низкоранговую аппроксимацию матрицы через преобразование Кларксона-Вудраффа.

Функции scipy.linalg.eigh_tridiagonal и scipy.linalg.eigvalsh_tridiagonal, которые находят собственные значения и собственные векторы трёхдиагональных эрмитовых/симметричных матриц, были добавлены.

scipy.ndimage улучшения

Добавлена поддержка однородных координатных преобразований в scipy.ndimage.affine_transform.

The ndimage Код на C подвергся значительному рефакторингу и теперь гораздо проще для понимания и поддержки.

scipy.optimize улучшения

Методы trust-region-exact и trust-krylov были добавлены в функцию scipy.optimize.minimize. Эти новые методы доверительной области решают подзадачу с более высокой точностью за счёт большего количества факторизаций Гессе (по сравнению с dogleg) или большего количества произведений матрица-вектор (по сравнению с ncg), но обычно требуют меньше нелинейных итераций и могут работать с неопределёнными матрицами Гессе. Они кажутся очень конкурентоспособными по сравнению с другими методами Ньютона, реализованными в scipy.

scipy.optimize.linprog приобрёл метод внутренней точки. Его производительность превосходит (как по точности, так и по скорости) старый симплексный метод.

scipy.signal улучшения

Аргумент fs (частота дискретизации) была добавлена в следующие функции: firwin, firwin2, firls, и remez. Это делает эти функции согласованными со многими другими функциями в scipy.signal в котором можно указать частоту дискретизации.

scipy.signal.freqz был значительно ускорен для FIR-фильтров.

scipy.sparse улучшения

Итерация и срезы по CSC и CSR матрицам теперь выполняются быстрее до ~35%.

The tocsr метод COO матриц теперь в несколько раз быстрее.

The diagonal method of sparse matrices now takes a parameter, indicating which diagonal to return.

scipy.sparse.linalg улучшения

Новый итеративный решатель для крупномасштабных несимметричных разреженных линейных систем, scipy.sparse.linalg.gcrotmk, был добавлен. Он реализует GCROT(m,k), гибкий вариант GCROT.

scipy.sparse.linalg.lsmr теперь принимает начальное приближение, что может привести к более быстрой сходимости.

SuperLU обновлён до версии 5.2.1.

scipy.spatial улучшения

Многие метрики расстояния в scipy.spatial.distance получил поддержку весов.

Сигнатуры scipy.spatial.distance.pdist и scipy.spatial.distance.cdist были изменены на *args, **kwargs для поддержки более широкого диапазона метрик (например, строковых метрик, требующих дополнительных ключевых слов). Также, необязательный out параметр был добавлен в pdist и cdist позволяя пользователю указать, где должна храниться результирующая матрица расстояний

scipy.stats улучшения

Методы cdf и logcdf были добавлены в scipy.stats.multivariate_normal, предоставляя кумулятивную функцию распределения многомерного нормального распределения.

Были добавлены новые функции статистического расстояния, а именно scipy.stats.wasserstein_distance для первого расстояния Вассерштейна и scipy.stats.energy_distance для энергетического расстояния.

Устаревшие функции

Следующие функции в scipy.misc устарели: bytescale, fromimage, imfilter, imread, imresize, imrotate, imsave, imshow и toimage. Большинство этих функций имеют неожиданное поведение (например, масштабирование и приведение типов данных изображения без запроса пользователя). Другие функции просто имеют лучшие альтернативы.

scipy.interpolate.interpolate_wrapper и все функции в этом подмодуле устарели. Это был незавершенный набор функций-оберток, который больше не актуален.

The fillvalue of scipy.signal.convolve2d будет напрямую приведен к типам данных входных массивов в будущем и проверен, что это скаляр или массив с одним элементом.

scipy.spatial.distance.matching устарел. Это псевдоним scipy.spatial.distance.hamming, который следует использовать вместо этого.

Реализация scipy.spatial.distance.wminkowski основывался на неверной интерпретации определения метрики. В scipy 1.0 он был лишь устаревшим в документации для сохранения обратной совместимости, но рекомендуется использовать новую версию scipy.spatial.distance.minkowski который реализует правильное поведение.

Позиционные аргументы scipy.spatial.distance.pdist и scipy.spatial.distance.cdist должны быть заменены на их ключевые версии.

Обратно несовместимые изменения

Следующие устаревшие функции были удалены из scipy.stats: betai, chisqprob, f_value, histogram, histogram2, pdf_fromgamma, signaltonoise, square_of_sums, ss и threshold.

Следующие устаревшие функции были удалены из scipy.stats.mstats: betai, f_value_wilks_lambda, signaltonoise и threshold.

Устаревший a и reta ключевые слова были удалены из scipy.stats.shapiro.

Устаревшие функции sparse.csgraph.cs_graph_components и sparse.linalg.symeig были удалены из scipy.sparse.

Следующие устаревшие ключевые слова были удалены в scipy.sparse.linalg: drop_tol из splu, и xtype из bicg, bicgstab, cg, cgs, gmres, qmr и minres.

Устаревшие функции expm2 и expm3 были удалены из scipy.linalg. Устаревшее ключевое слово q был удален из scipy.linalg.expm. И устаревший подмодуль linalg.calc_lwork был удален.

Устаревшие функции C2K, K2C, F2C, C2F, F2K и K2F были удалены из scipy.constants.

Устаревший ppform класс был удалён из scipy.interpolate.

Устаревшее ключевое слово iprint был удален из scipy.optimize.fmin_cobyla.

Значение по умолчанию для zero_phase ключевое слово scipy.signal.decimate было изменено на True.

The kmeans и kmeans2 функции в scipy.cluster.vq изменил метод, используемый для случайной инициализации, поэтому использование фиксированного случайного сида не обязательно даст те же результаты, что и в предыдущих версиях.

scipy.special.gammaln больше не принимает комплексные аргументы.

Устаревшие функции sph_jn, sph_yn, sph_jnyn, sph_in, sph_kn, и sph_inkn были удалены. Пользователям следует вместо этого использовать функции spherical_jn, spherical_yn, spherical_in, и spherical_kn. Учтите, что новые функции имеют другие сигнатуры.

Перекрёстные свойства scipy.signal.lti системы были удалены. Следующие свойства/сеттеры были удалены:

Имя - (доступ/установка удалены) - (установка удалена)

• StateSpace - (num, den, gain) - (zeros, poles)

• TransferFunction (A, B, C, D, gain) - (zeros, poles)

• ZerosPolesGain (A, B, C, D, num, den) - ()

signal.freqz(b, a) с b или a >1-D вызывает ValueError. Это был крайний случай, для которого было неясно, что поведение хорошо определено.

Метод var of scipy.stats.dirichlet теперь возвращает скаляр, а не ndarray, когда длина alpha равна 1.

Прочие изменения

SciPy теперь имеет формальную структуру управления. Она состоит из BDFL (Паули Виртанен) и Руководящего комитета. См. документ управления подробности.

Теперь можно собирать SciPy на Windows с MSVC + gfortran! Непрерывная интеграция настроена для этой конфигурации сборки на Appveyor, сборка против OpenBLAS.

Непрерывная интеграция для OS X настроена на TravisCI.

Набор тестов SciPy был перенесён из nose to pytest.

scipy/_distributor_init.py был добавлен, чтобы позволить распространителям SciPy добавлять пользовательский код, который должен выполняться при импорте SciPy (например, проверки оборудования, пути поиска DLL и т.д.).

Поддержка PEP 518 (определение требований к системе сборки) была добавлена - см. pyproject.toml в корне репозитория SciPy.

Для обеспечения согласованности имён функций, функция scipy.linalg.solve_lyapunov переименован в scipy.linalg.solve_continuous_lyapunov. Старое имя сохранено для обратной совместимости.

Авторы

• @arcady +

• @xoviat +

• Антон Ахмеров

• Dominic Antonacci +

• Алессандро Пьетро Барделли

• Ved Basu +

• Michael James Bedford +

• Ray Bell +

• Juan M. Bello-Rivas +

• Себастьян Берг

• Felix Berkenkamp

• Jyotirmoy Bhattacharya +

• Мэтью Бретт

• Джонатан Брайт

• Bruno Jiménez +

• Evgeni Burovski

• Patrick Callier

• Mark Campanelli +

• CJ Кэри

• Роберт Цимрман

• Adam Cox +

• Михаил Данилов +

• Давид Хабертюр +

• Andras Deak +

• Филип ДеБур

• Anne-Sylvie Deutsch

• Cathy Douglass +

• Доминик Элс +

• Guo Fei +

• Roman Feldbauer +

• Юй Фэн

• Хайме Фернандес дель Рио

• Orestis Floros +

• David Freese +

• Adam Geitgey +

• James Gerity +

• Dezmond Goff +

• Кристоф Голке

• Ralf Gommers

• Дирк Гориссен +

• Matt Haberland +

• David Hagen +

• Чарльз Харрис

• Lam Yuen Hei +

• Jean Helie +

• Gaute Hope +

• Гийом Орель +

• Franziska Horn +

• Yevhenii Hyzyla +

• Владислав Яковлев +

• Марвин Кастнер +

• Мгер Казанджян

• Thomas Keck

• Adam Kurkiewicz +

• Ronan Lamy +

• J.L. Lanfranchi +

• Eric Larson

• Денис Лаксальд

• Gregory R. Lee

• Felix Lenders +

• Evan Limanto

• Julian Lukwata +

• Франсуа Мажимель

• Syrtis Major +

• Charles Masson +

• Nikolay Mayorov

• Тобиас Мегис

• Markus Meister +

• Роман Мирочник +

• Jordi Montes +

• Nathan Musoke +

• Andrew Nelson

• M.J. Nichol

• Juan Nunez-Iglesias

• Arno Onken +

• Nick Papior +

• Дима Пасечник +

• Ashwin Pathak +

• Oleksandr Pavlyk +

• Стефан Петерсон

• Ilhan Polat

• Андрей Портной +

• Ravi Kumar Prasad +

• Аман Пратик

• Эрик Кинтеро

• Vedant Rathore +

• Tyler Reddy

• Joscha Reimer

• Philipp Rentzsch +

• Антонио Орта Рибейро

• Ned Richards +

• Кевин Роуз +

• Бенуа Ростикус +

• Matt Ruffalo +

• Eli Sadoff +

• Pim Schellart

• Nico Schlömer +

• Klaus Sembritzki +

• Николай Шебанов +

• Jonathan Tammo Siebert

• Скотт Сиверт

• Max Silbiger +

• Мандип Сингх +

• Майкл Стюарт +

• Джонатан Саттон +

• Deep Tavker +

• Martin Thoma

• James Tocknell +

• Aleksandar Trifunovic +

• Paul van Mulbregt +

• Jacob Vanderplas

• Aditya Vijaykumar

• Pauli Virtanen

• Джеймс Уэббер

• Warren Weckesser

• Eric Wieser +

• Josh Wilson

• Zhiqing Xiao +

• Евгений Журко

• Николай Зинов +

• Zé Vinícius +

Всего 121 человек внесли вклад в этот релиз. Люди со знаком «+» рядом с именами внесли патч впервые. Этот список имён генерируется автоматически и может быть неполным.

Проблемы, закрытые для версии 1.0.0

• #2300: scipy.misc.toimage (и, следовательно, imresize) преобразует в uint32…

• #2347: Несколько misc.im* функции некорректно обрабатывают 3- или 4-канальные…

• #2442: scipy.misc.pilutil -> scipy.ndimage?

• #2829: Mingw Gfortran в Windows?

• #3154: scipy.misc.imsave создает неверный заголовок bitmap

• #3505: scipy.linalg.lstsq() текст справки для остатков немного странный

• #3808: Реализован ли метод Брента для минимизации значения функции…

• Полином Лагранжа.: Добавление метода cdf() в stats.multivariate_normal

• #4458: scipy.misc.imresize изменяет диапазон изображения

• #4575: Документация для L-BFGS-B упоминает несуществующий параметр

• #4893: misc.imsave не работает с определённым типом файла

• #5231: Расхождения в scipy.optimize.minimize(method='L-BFGS-B')

• #5238: Оптимальное упорядочение листьев в scipy.cluster.hierarchy.dendrogram

• #5305: Неправильное масштабирование изображения в scipy/misc/pilutil.py с misc.imsave?

• #5823: сбой теста в filter_design

• #6061: scipy.stats.spearmanr возвращает значения вне диапазона от -1 до 1

• #6242: Несогласованность / дублирование для imread и imshow, imsave

• #6265: BUG: signal.iirfilter полосового типа нестабилен, когда высокий...

• #6370: scipy.optimize.linear_sum_assignment зависает на неопределённой матрице

• #6417: scipy.misc.imresize преобразует изображения в uint8

• #6618: splrep и splprep не согласованы

• #6854: Поддержка PEP 519 в функциях ввода-вывода

• #6921: [Запрос функции] Случайная унитарная матрица

• #6930: uniform_filter1d похоже, обрезает, а не округляет при выводе…

• #6949: функция interp2d вызывает аварийное завершение Python

• #6959: scipy.interpolate.LSQUnivariateSpline - проверка на возрастание…

• #7005: linear_sum_assignment в scipy.optimize никогда не возвращает, если один из…

• #7010: scipy.statsbinned_statistic_2d: возвращаются некорректные номера бинов

• #7049: expm_multiply чрезмерно медленный при вызове для интервалов

• #7050: Документирование _argcheck для rv_discrete

• #7077: coo_matrix.tocsr() все еще медленно

• #7093: Лицензирование колес

• #7122: Матричные вычисления на основе скетчинга

• #7133: Разрывность специальной функции scipy

• #7141: Улучшить документацию по эллиптическим интегралам

• #7181: Изменение в numpy.poly1d вызывает сбой тестов scipy.

• #7220: Проблема форматирования строк в LinearOperator.__init__

• #7239: Исходный дистрибутив в формате tarball

• #7247: genlaguerre poly1d-объект не учитывает опцию 'monic' при вычислении

• #7248: BUG: регрессия в полиномах Лежандра в master-ветке

• #7316: dgels отсутствует

• #7381: Интерполяция Крога не может вычислить производные для комплексных...

• #7416: scipy.stats.kappa4(h,k) вызывает ValueError для положительного целого...

• #7421: scipy.stats.arcsine().pdf и scipy.stats.beta(0.5, 0.5).pdf…

• #7429: test_matrix_norms() в scipy/linalg/tests/test_basic.py вызывает…

• #7444: Doc: stats.dirichlet.var описание вывода неверно

• #7475: Параметр amax в scalar_search_wolfe2 не используется

• #7510: Операции между numpy.array и разреженной матрицей scipy.sparse возвращают…

• #7550: ДОКУМЕНТАЦИЯ: учебник по signal: Опечатка в объяснении свёртки

• #7551: stdint.h включён в заголовочные файлы SuperLU, но не существует…

• #7553: Сборка для master сломана на OS X

• #7557: Ошибка в примере scipy.signal.periodogram

• #7590: Ошибка теста OSX - test_ltisys.TestPlacePoles.test_real

• #7658: optimize.BenchGlobal сломан

• #7669: результат nan от multivariate_normal.cdf

• #7733: Несогласованное использование индексов, indptr в Delaunay.vertex_neighbor_vertices

• #7747: Изменения в Numpy np.random.dirichlet вызывают сбои тестов

• #7772: Исправление параметра rcond= в numpy lstsq

• #7776: тесты требуют `nose`

• #7798: имена участников для заметок о выпуске 1.0

• #7828: Ошибки тестов 32-битной Linux на TestCephes

• #7893: изменение поведения scipy.spatial.distance.wminkowski в версии 1.0.0b1

• #7898: DOC: оконные функции

• #7959: BUG возможно: fmin_bfgs возможно сломан в 1.0

• #7969: scipy 1.0.0rc1 windows wheels зависят от отсутствующего msvcp140.dll

Запросы на слияние для 1.0.0

• #4978: WIP: добавление опций pre_center и normalize в lombscargle

• #5796: TST: Удалить все постоянные изменения фильтров из тестов

• #5910: ENH: sparse.linalg: добавить GCROT(m,k)

• #6326: ENH: Новые решатели ОДУ

• #6480: ENH: Сделать signal.decimate по умолчанию zero_phase=True

• #6705: ENH: add initial guess to sparse.linalg.lsqr

• #6706: ENH: добавить начальное приближение в sparse.linalg.lsmr

• #6769: BUG: optimize: добавить проверку условия достаточного убывания к линии CG…

• #6855: Обработка объектов, поддерживающих PEP 519, в функциях ввода-вывода

• #6945: MAINT: очистка кодовой базы ckdtree

• #6953: DOC: добавить документ управления проектом SciPy

• #6998: исправить документацию коэффициента корреляции Спирмена

• #7017: ENH: добавлены методы logcdf и cdf к scipy.stats.multivariate_normal

• #7027: Добавить случайные унитарные матрицы

• #7030: ENH: Добавить проверки строгого возрастания для x в одномерных сплайнах

• #7031: BUG: Исправление linear_sum_assignment зависание на неопределенной матрице

• #7041: DOC: уточнить, что окна по умолчанию являются DFT-чётными

• #7048: DOC: изменённая документация для find_peak_cwt. Исправлено #6922

• #7056: Исправлена недостаточная точность при расчёте spearman/kendall…

• #7057: MAINT: изменение сравнения dtype в optimize.linear_sum_assignment.

• #7059: TST: сделать Xdist_deprecated_args охватывать все метрики

• #7061: Исправить ошибки компиляции для msvc 9 и 10

• #7070: ENH: sparse: оптимизация быстрых путей срезов CSR/CSC

• #7078: ENH: sparse: отложить sum_duplicates в csr/csc

• #7079: ENH: sparse: разрешить подклассам переопределять конкретные математические операции

• #7081: ENH: sparse: ускорение CSR/CSC toarray()

• #7082: MAINT: Добавлено отсутствующее PyType_Ready(&SuperLUGlobalType) для Py3

• #7083: Исправлена опечатка в документации scipy.linalg.lstsq()

• #7086: Исправлена ошибка #7049, вызывающая чрезмерную медлительность в expm_multiply

• #7088: Документировано _argcheck для rv_discrete

• #7094: MAINT: исправить ошибку в PR #7082

• #7098: BF: возвращать NULL из неудачной проверки модуля Py3

• #7105: MAINT: Настройка вызова ?TRSYL в решателе Ляпунова

• #7111: Исправление опечатки в сообщении об ошибке в UnivariateSpline

• #7113: FIX: Добавление float к типу возвращаемого значения в документации

• #7119: ENH: sparse.linalg: удалить _count_nonzero хак

• #7123: ENH: добавлен метод "interior-point" для scipy.optimize.linprog

• #7137: DOC: уточнить строку документации stats.linregress, закрывает gh-7074

• #7138: DOC: special: Добавить пример в строку документации airy.

• #7139: DOC: stats: Обновить учебник по статистике

• #7142: BUG: special: предотвратить segfault в pbwa

• #7143: DOC: special: предупреждение об альтернативных параметризациях эллиптических интегралов

• #7146: исправить строку документации NearestNDInterpolator

• #7148: DOC: special: Добавить Parameters, Returns и Examples в документацию gamma

• #7152: MAINT: spatial: Удалить две неиспользуемые переменные в ckdtree/src/distance.h

• #7153: MAINT: special: удалить устаревший вариант gammaln

• #7154: MAINT: Исправить код, который вызывает предупреждения компилятора C

• #7155: DOC: linalg: Добавить примеры для solve_banded и solve_triangular

• #7156: DOC: исправление документации NearestNDInterpolator

• #7159: BUG: special: исправить знак производной, когда x < 0 в pbwa

• #7161: MAINT: interpolate: сделать массив Rbf.A свойством

• #7163: MAINT: special: возвращать nan для неточных областей pbwa

• #7165: ENH: optimize: изменения для повышения эффективности реализации BFGS.

• #7166: BUG: Предотвращение бесконечного цикла в optimize._lsq.trf_linear.py

• #7173: BUG: sparse: возврат матрицы numpy из _add_dense

• #7179: DOC: Исправлена ошибка в строке документации sparse argmax

• #7180: MAINT: interpolate: Небольшая очистка в interpolate/src/_interpolate.cpp

• #7182: Разрешить однородные координатные преобразования в affine_transform

• #7184: MAINT: Удалить хак, изменяющий атрибут только для чтения

• #7185: ENH: Добавление оценки периодических сплайнов #6730

• #7186: MAINT: PPoly: улучшить сообщения об ошибках для неправильной формы/оси

• #7187: DEP: interpolate: устаревание interpolate_wrapper

• #7198: DOC: linalg: Добавить примеры для solveh_banded и solve_toeplitz.

• #7200: DOC: stats: Добавлено обучающее руководство для обобщенного…

• #7208: DOC: Добавлены строки документации к issparse/isspmatrix(_...) методы и…

• #7213: DOC: добавлены примеры для circmean, circvar, circstd

• #7215: DOC: Добавление примеров в docstrings scipy.sparse.linalg….

• #7223: DOC: special: Добавить примеры для expit и logit.

• #7224: BUG: interpolate: исправить переполнение целых чисел в fitpack.bispev

• #7225https://highs.dev/

• #7226: MAINT: обновление документации и кода для перехода списка рассылки на python.org

• #7233: Исправление проблемы #7232: Не маскировать исключения при оценке целевой функции

• #7234: MAINT: cluster: очистка кода VQ/k-means

• #7236: ДОК: Исправлена опечатка

• #7238: BUG: исправить синтаксическую ошибку из-за символа Unicode в trustregion_exact.

• #7243: DOC: Обновление документации в misc/pilutil.py

• #7246: DEP: misc: устаревание импортированных имен

• #7249: DOC: Добавить графический пример в scipy.cluster.vq.kmeans

• #7252: Исправить 5231: документация factr, ftol в синхронизации с кодом

• #7254: УЛУЧ: обработка входных данных SphericalVoronoi

• #7256: исправление для проблемы #7255 - Функции круговой статистики дают неверный…

• #7263: CI: использовать faulthandler Python для упрощения трассировки ошибок сегментации

• #7288: ENH: linalg: добавить subspace_angles функция.

• #7290: BUG: stats: Исправление ложных предупреждений в genextreme.

• #7292: ENH: optimize: добавлен метод доверительной области trust-trlib

• #7296: DOC: stats: Добавить пример в ttest_ind_from_stats строка документации.

• #7297: DOC: signal: Добавлены примеры для chirp() и sweep_poly().

• #7299: DOC: Сделать разницу между brent и fminbound более понятной

• #7305: Упростить if-операторы и вызовы конструкторов в integrate._ode

• #7309: Соответствие PEP 518.

• #7313: REL: добавить python_requires в setup.py, исправить проверку версии Python.

• #7315: BUG: Исправлена ошибка с полиномами Лагерра и Лежандра

• #7320: DOC: уточнить значение флагов в ode.integrate

• #7333: DOC: Добавить примеры в scipy.ndimage.gaussian_filter1d

• #7337: ENH: добавление n-мерного DCT и IDCT в fftpack

• #7353: Добавить _gels функции

• #7357: DOC: linalg: Добавить примеры в документацию svdvals.

• #7359: Обновить версию Sphinx до 1.5.5

• #7361: DOC: linalg: Добавить ссылки «Смотри также» среди специальных матриц…

• #7362: TST: Исправить некоторые сбои тестов в Fedora 25.

• #7363: DOC: linalg: улучшить пример в документации для svd

• #7365: MAINT: исправление refguide_check.py для Sphinx >= 1.5

• #7367: BUG: odrpack: исправить неверные проверки шага в d_lpkbls.f

• #7368: DOC: constants: Добавить примеры в строку документации 'find'.

• #7376: MAINT: включить Mathjax в собранную документацию

• #7377: MAINT: optimize: Лучшее название для метода trust-region-exact.

• #7378: Улучшить формулировки в учебном пособии

• #7383: исправить сбой KroghInterpolator.derivatives с комплексным входом

• #7389: FIX: Копирование изменяемого окна в resample_poly

• #7390: DOC: optimize: Несколько улучшений примеров в curve_fit

• #7391: DOC: Добавление примеров в scipy.stats

• #7394: «Вес» фактически является массой. Добавить слизни и слинчи/блобсы к массе

• #7398: DOC: Исправить мелкую опечатку в optimize.{brenth,brentq}

• #7401: DOC: zeta принимает только вещественные входные данные

• #7413: BUG: исправление сообщений об ошибках в _minimize_trustregion_exact

• #7414: DOC: исправление ndimage.distance_transform_bf docstring [ci skip]

• #7415: DOC: исправить строку документации skew [ci skip]

• #7423: Расширение binnumbers с правильными размерностями

• #7431: BUG: Расширить scipy.stats.arcsine.pdf до конечных точек 0 и 1 #7427

• #7432: DOC: Добавить примеры в scipy.cluster.hierarchy

• #7448: ENH: stats: Реализовать функцию выживания для распределения Парето.

• #7454: FIX Заменено np.assert_allclose с импортированным assert_allclose

• #7460: TST: исправление теста integrate.ivp, который падает на 32-битном Python.

• #7461: Doc: Добавлено обучающее руководство для распределений stats ksone

• #7463: DOC: Исправлены опечатки и удалены пробелы в конце строк

• #7465: Исправить некоторые ошибки порядка байтов в ndimage.interpolation

• #7468: удалить избыточность в interpolate.py

• #7470: Инициализация "info" в minpack_lmdif

• #7478: Добавлено больше тестирования функций smirnov/smirnovi

• #7479: MAINT: обновить для новых FutureWarning в numpy 1.13.0

• #7480: DOC: правильно описать форму вывода dirichlet.mean() и…

• #7482: signal.lti: Удалены устаревшие свойства cross-system

• #7484: MAINT: Очистка использования np.asarray в ndimage

• #7485: ENH: поддержка любого порядка >=0 в ndimage.gaussian_filter

• #7486: ENH: Поддержка k!=0 для sparse.diagonal()

• #7498: ОШИБКА: sparse: передача опции assumeSortedIndices в scikit.umfpack

• #7501: ENH: добавление оптимального упорядочивания листьев для матриц связей

• #7506: MAINT: устранение переполнения в Metropolis, исправляет #7495

• #7507: TST: ускорение полного набора тестов за счёт уменьшения точек вычисления в тестах mpmath.

• #7509: BUG: исправить проблему при использовании python setup.py somecommand --force.

• #7511: исправить некоторые предупреждения, найденные с помощью lgtm

• #7514: Добавлено объяснение, что означает возвращаемое целое число.

• #7516: BUG: Исправление ошибок округления в ndimage.uniform_filter1d.

• #7517: TST: исправить тест signal.convolve, который фактически пропускался.

• #7523: ENH: linalg: разрешить lstsq работать с массивами нулевой формы

• #7525: TST: Очистка предупреждений

• #7526: DOC: параметры в функциях ndimage.interpolation не являются необязательными

• #7527: MAINT: Инкапсулировать обработку сообщений об ошибках в NI_LineBuffer.

• #7528: MAINT: Удаление псевдонимов ndimage для NPY_MAXDIMS.

• #7529: MAINT: Удалить NI_(UN)LIKELY макросы в пользу numpy.

• #7537: MAINT: Использование функции доступа для внутренних структур массивов numpy

• #7541: MAINT: Удалить некоторые использования типов Numarray в ndimage.

• #7543: MAINT: Заменить все использования NumarrayTypes в ni_fourier.c

• #7544: MAINT: Заменить все использования NumarrayTypes в ni_interpolation.c

• #7545: MAINT: Заменить все использования NumarrayTypes в ni_measure.c

• #7546: MAINT: Заменить все использования NumarrayTypes в ni_morphology.c

• #7548: DOC: добавить примечание в README бенчмарков о том, как запускать без пересборки.

• #7549: MAINT: Избавиться от NumarrayTypes.

• #7552: TST: Исправление новых предупреждений -> ошибки, найденные в OSX

• #7554: Обновить superlu до 5.2.1 + исправить проблему с stdint.h на MSVC

• #7556: MAINT: Исправить некоторые типы из #7549 + различные предупреждения.

• #7558: MAINT: Использовать правильный #define NO_IMPORT_ARRAY, а не NO_ARRAY_IMPORT…

• #7562: BUG: Копировать import_nose из numpy.

• #7563: ENH: Добавление первой статистики Вассерштейна и Крамера-фон Мизеса...

• #7568: Тестовое обслуживание

• #7571: Test janitoring pt. 2

• #7572: Pytestifying

• #7574: TST: Удалить фильтры игнорирования предупреждений из stats

• #7577: MAINT: Удалить неиспользуемый код в ndimage/ni_measure.c и .h

• #7578: TST: Удалить фильтры игнорирования предупреждений из sparse, очистить предупреждения…

• #7581: ОШИБКА: правильно освободить память из PyArray_IntpConverter.

• #7582: ДОКУМЕНТАЦИЯ: учебник по signal: Опечатка в объяснении свёртки

• #7583: Удалить оставшиеся фильтры игнорирования предупреждений

• #7586: DOC: добавлено примечание в HACKING.rst о том, где найти документацию по сборке.

• #7587: DOC: Добавить примеры в scipy.optimize

• #7594: TST: Добавить тесты для функций преобразования ndimage.

• #7596: Добавлена проверка корректности в signal.savgol_filter

• #7599: исправление ошибки условия остановки _upfirdn_apply

• #7601: MAINT: special: удалить sph_jn и др.

• Следующий код создает фильтр Баттерворта нижних частот. Затем он применяет этот фильтр к массиву, все значения которого равны 1,0; выходные данные также равны 1,0, как и ожидается для фильтра нижних частот. Если: TST: исправить сбои тестов в обрезанных статистических тестах с numpy…

• #7605: Чётко указать требуемый порядок размерностей

• #7606: MAINT: Удалить неиспользуемую функцию NI_NormalizeType.

• #7607: TST: добавить osx в матрицу travis

• #7608: DOC: улучшение руководства HACKING - упоминание рецензирования PR как вклада.

• #7609: MAINT: Убрать ненужный фильтр предупреждений, избегая ненужных…

• #7610: #7557 : исправить пример кода в periodogram

• #7611: #7220 : исправить TypeError при возбуждении ValueError для недопустимой формы

• #7612: Преобразование тестов yield в параметризованные тесты pytest

• #7613: Добавить файл инициализации дистрибьютора

• #7614: исправить заголовок

• #7615: BUG: sparse: Исправление присваивания с некорректным аргументом sparse

• #7617: DOC: Уточнить функции цифровых фильтров

• #7619: ENH: scipy.sparse.spmatrix.astype: параметры приведения типа и копирования…

• #7621: Предоставление пользователю кода возврата IDID для VODE/ZVODE/LSODE

• #7622: MAINT: special: удалить устаревший комментарий для ellpk

• #7625: TST: Добавить тест для фильтров предупреждений "ignore"

• #7628: MAINT: рефакторинг и очистка distance.py/.c/.h

• #7629: DEP: устаревание использования args в xdist

• #7630: ENH: взвешенные метрики

• #7634: Продолжение #6855

• #7635: interpolate.splprep: Тестирование некоторых случаев ошибок, немного улучшенное…

• #7642: Добавить пример в interpolate.lagrange

• #7643: ENH: Добавлены обёртки для LAPACK stev

• #7649: Исправление #7636, добавление тестового покрытия PEP 519 к оставшимся функциям ввода-вывода

• #7650: DOC: signal: Добавить 'Примеры' в документацию для sosfiltfilt.

• #7651: Исправление использования ccache на Travis + попытка включения на OSX

• #7653: DOC: переход примеров с 2 на 3. Закрывает #7366

• #7659: BENCH: исправление optimize.BenchGlobal. Закрывает gh-7658.

• #7662: CI: ускорение сборок непрерывной интеграции

• #7664: Обновить документацию odr

• #7665: BUG: wolfe2 линейный/скалярный поиск теперь использует параметр amax

• #7671: MAINT: _lib/ccallback.h: PyCapsule_GetName возвращает const char*

• #7672: TST: interpolate: протестировать интегрирование периодических B-сплайнов против…

• #7674: Настройка тестов

• #7675: CI: переместить refguide-check на более быструю сборку

• #7676: DOC: обновление scipy-sphinx-theme для исправления copybutton.js

• #7678: Обратите внимание на дополнение нулями результатов splrep и splprep

• #7681: MAINT: _lib: добавить определяемое пользователем определение доступной памяти

• #7684: TST: linalg: явно закрывать открытые npz файлы

• #7686: MAINT: удалить ненужные строки shebang и биты исполняемости

• #7687: BUG: stats: не выдавать недопустимые предупреждения, если моменты бесконечны

• #7690: ENH: разрешить int-подобные параметры в нескольких процедурах

• #7691: DOC: Удалить неработающие исходные ссылки из документации

• #7694: исправить ma.rray to ma.array в функции median_cihs

• #7698: BUG: stats: исправить результат nan из multivariate_normal.cdf (#7669)

• #7703: DOC: special: Обновить документацию для функций нецентрального F-распределения.

• #7709: BLD: интеграция: избежать конфликта символов между lsoda и vode

• #7711: TST: _lib: make test_parallel_threads чтобы не давать ложных сбоев

• #7712: TST: stats: увеличение допуска теста в TestMultivariateNormal.test_broadcasting

• #7715: MAINT: исправить устаревшее использование numpy.issubdtype

• #7716: TST: integrate: удалить тесты времени выполнения

• #7717: MAINT: исправление ошибки включения в mstats.winsorize

• #7719: DOC: stats: Добавление примечания о частных случаях распределения rdist.

• #7720: DOC: Добавить пример и математику к stats.pearsonr

• #7723: DOC: Добавлена ссылка на статистику Манна-Уитни

• #7727: BUG: special/cdflib: обработка nan и неконечных входных данных

• #7728: BLD: spatial: исправить список заголовков зависимостей ckdtree

• #7732: BLD: обновить сборку Bento для добавления optimal_leaf_ordering

• #7734: DOC: signal: Редактирование и добавление примеров к Kaiser-связанным…

• #7736: BUG: Исправляет #7735: Предотвратить переполнение целых чисел в объединенном индексе…

• #7737: DOC: переименовать indices/indptr для spatial.Delaunay vertex_neighbor_vertices

• #7738: ENH: Ускорение вычисления freqz

• #7739: TST: игнорирование сбоя ncfdtridfn в win32 и предупреждение об изменениях режима FPU

• #7740: Исправление переполнения в k-выборочном тесте Андерсона-Дарлинга

• #7742: TST: special: ограничить диапазон сравнения expm1 mpmath

• #7748: TST: stats: не передавать недопустимый alpha в np.random.dirichlet

• #7749: BUG/DOC: optimize: метод - 'interior-point', а не 'interior…

• #7751: BUG: optimize: show_options('linprog', method='interior-point')…

• #7753: ENH: io: более простой синтаксис для чтения/записи смешанных записей в FortranFile

• #7754: BLD: добавить _lib._fpumode расширение для сборки Bento.

• #7756: DOC: Показать функции плотности вероятности как математические выражения

• #7757: MAINT: удалить устаревшие скрипты сборки для OS X. Исправляет ошибку pytest.

• #7758: MAINT: stats: pep8, перенос строк

• #7760: DOC: special: добавить инструкции по добавлению специальных функций

• #7761: DOC: разрешить указание версии Python для makefile Sphinx

• #7765: TST: исправление покрытия тестами mstats_extras.py

• #7767: DOC: обновить заметки о выпуске 1.0.

• #7768: DOC: обновить заметки о том, как выпускать. Также изменить файл paver на…

• #7769: Добавлен _sf и _logsf функция для распределения Планка

• #7770: DOC: Замена неработающих ссылок в документации minres

• #7771: MAINT: очистка вывода сборки f2py

• #7773: DOC: optimize: Некоторая редактура документации linprog.

• #7774: MAINT: явно задать rcond для вызовов np.linalg.lstsq

• #7777: удалить остаточный nose импорты

• #7780: ENH: Wrap LAPACK’s dsytrd

• #7781: DOC: Ссылка rfft

• #7782: MAINT: запускать автоматическую генерацию pyx в cythonize и удалять автоматически сгенерированные файлы

• #7783: FIX: Запрет Wn==1 в цифровых фильтрах

• #7790: Исправить ошибки тестов, внесённые gh-5910

• #7792: MAINT: исправление синтаксиса в pyproject.toml

• #7809: ENH: эскизы — преобразование Кларксона-Вудраффа

• #7810: ENH: Добавить eig(vals)_tridiagonal

• #7811: BUG: stats: Исправить предупреждения в binned_statistics_dd

• #7814: ENH: signal: Замена аргументов 'nyq' и 'Hz' на 'fs'.

• #7820: DOC: обновление заметок о выпуске версии 1.0 и mailmap

• #7823: BUG: утечка памяти в messagestream / qhull.pyx

• #7830: DOC: linalg: Добавить пример в docstring для lstsq.

• #7835: ENH: Автоматический порядок FIR для decimate

• #7838: MAINT: stats: Устаревание frechet_l и frechet_r.

• #7841: Исправления форматирования PEP8, опечатки и т.д. в slsqp

• #7843: ENH: Обернуть все процедуры BLAS

• #7844: DOC: обновлен LICENSE.txt с лицензиями входящих библиотек по мере необходимости.

• #7851: ENH: Добавить обёртки для ?GGLSE, ?(HE/SY)CON, ?SYTF2, ?(HE/SY)TRF

• #7856: ENH: добавлен аргумент out в Xdist

• #7858: BUG: special/cdflib: исправить проблемы фатальной потери точности в cumfnc

• #7859: FIX: Squash place_poles предупреждение о граничном случае

• #7861: фиктивное утверждение для неопределенного WITH_THREAD

• #7863: MAINT: добавить тексты лицензий в бинарные дистрибутивы

• #7866: DOC, MAINT: исправить ссылки в документации

• #7867: DOC: исправление описаний pdf в строках документации распределений.

• #7869: DEP: устаревание функций misc.pilutil

• #7870: DEP: удалить устаревшие функции

• #7872: TST: подавление RuntimeWarning для теста stats.truncnorm, помеченного как…

• #7874: TST: исправить тест optimize.linprog, который периодически падает.

• #7875: TST: фильтрация двух предупреждений интегрирования в тестах stats.

• #7876: GEN: Добавление комментариев к тестам для пояснения

• #7891: ENH: перенос #7879 в ветку 1.0.x

• #7902: MAINT: signal: Сделать обработку многомерных массивов в freqz соответствующей…

• #7905: REV: восстановить wminkowski

• #7908: FIX: Избегать плохого __del__ (близкое) поведение

• #7918: TST: пометить два теста optimize.linprog как xfail. См. gh-7877.

• #7929: MAINT: изменены значения по умолчанию на более низкие в sytf2, sytrf и hetrf

• #7939: Исправление построения решателя umfpack для win-amd64

• #7948: DOC: добавлено примечание о проверке на устаревание перед обновлением до…

• #7952: DOC: обновление дорожной карты SciPy для выпуска 1.0 и недавних обсуждений.

• #7960: BUG: optimize: откат изменений bfgs в gh-7165

• #7962: TST: special: пометить неудачный тест hyp2f1 как xfail

• #7973: BUG: исправлен ключевое слово в 'info' в _get_mem_available утилита

• #8001: TST: исправить сбои тестов из-за обновления Matplotlib 2.1

• #8010: BUG: signal: исправить сбой в lfilter

• #8019: ТЕХ: исправить сбои тестов с NumPy master